Molecular Monitoring of Wild-Type and Genetically Engineered<i>Colletotrichum coccodes</i>Biocontrol Strains In Planta
Notice bibliographique
Résumé
Two strains of Colletotrichum coccodes, the wild type (DAOM 183088) and T-20a, engineered with the necrosis- and ethylene-inducing peptide (NEP1) gene for hypervirulence on velvetleaf (Abutilon theophrasti, Medik.), were monitored in planta for the first 2 weeks after infection. Real-time quantitative polymerase chain reaction (QPCR) was used to assess the extent of colonization of both strains on velvetleaf using SYBR Green chemistry. Quantification of both strains was successful as soon as the conidia were sprayed on the leaves and up to 14 days after infection. The increase in fungal DNA amounts corroborated with the appearance of necrotic lesions on velvetleaf leaves infected with the wild-type strain. The wild-type C. coccodes was more efficient at infecting velvetleaf than the transgenic T-20a strain. In addition, detection of host DNA allowed us to quantitatively monitor the decrease in plant DNA amounts in response to wild-type strain infection. Expression of the NEP1 transgene by conventional retro-transcription (RT)-PCR was absent from T-20a growing on either V8 agar or in planta, suggesting that the gene may be silenced. The application of QPCR to monitor fungal growth was proven to detect the target organisms in planta prior to the appearance of symptoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».