Genomic comparison of Neodiprion sertifer and Neodiprion lecontei nucleopolyhedroviruses and identification of potential hymenopteran baculovirus-specific open reading frames
Notice bibliographique
Résumé
Genomic comparison of Neodiprion sertifer nucleopolyhedrovirus (NeseNPV) and Neodiprion lecontei nucleopolyhedrovirus (NeleNPV) showed that the hymenopteran baculoviruses had features in common and were distinct from other, fully sequenced lepidopteran and dipteran baculoviruses. Their genomes were small in size (86,462 and 81,755 bp, respectively), had low G+C contents (33.8 and 33.3 mol%, respectively) and contained fewer open reading frames (ORFs) (90 and 89, respectively) than other baculoviruses. They shared 69 ORFs (48.6% mean amino acid identity overall), 43 of which were previously identified baculovirus homologues. The remaining shared ORFs could be common to other baculoviruses, but low amino acid identities precluded identifying them as such. Some may also be unique to hymenopteran baculoviruses. These included a trypsin-like protease, a zinc-finger protein, regulator of chromosome condensation proteins, a densovirus capsid-like protein and a phosphotransferase. Structural analysis, the presence of conserved domains and phylogenetic studies suggested that some of these ORFs may be functional and could have been transferred horizontally from an insect host. ORFs found only in NeseNPV and NeleNPV may play a role in host specificity and/or tissue tropism, as hymenopteran baculoviruses are restricted to the midgut. The genomes were basically collinear, but contained non-syntenic regions (NSRs) with large numbers of repeats between their polyhedrin and dbp genes. They differed from each other in the number of ORFs and the G+C content of their NSRs and the presence of homologous regions in the NeseNPV genome. NeleNPV also had a short inversion relative to NeseNPV. NeseNPV contained 21 ORFs not found in NeleNPV and NeleNPV had 20 ORFs not found in NeseNPV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».