Human leukocyte antigen-DQ alleles and haplotypes and their associations with resistance and susceptibility to HIV-1 infection
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To determine the association of DQ antigens with resistance and susceptibility to HIV-1. DESIGN: Despite repeated exposure to HIV-1, a subset of women in the Pumwani Sex Worker cohort established in Nairobi, Kenya in 1985 have remained HIV-1 negative for at least 3 years and are classified as resistant. Differential susceptibility to HIV-1 infection is associated with HIV-1 specific CD4 and CD8 T cell responses. As human leukocyte antigen-DQ antigens present viral peptides to CD4 cells, we genotyped human leukocyte antigen -DQ alleles for 978 women enrolled in the cohort and performed cross-sectional and longitudinal analyses to identify associations of human leukocyte antigen -DQ with resistance/susceptibility to HIV-1. METHODS: DQA1 and DQB1 were genotyped using taxonomy-based sequence analysis. SPSS 13.0 was used to determine associations of DQ alleles/haplotypes with HIV-1 resistance, susceptibility, and seroconversion rates. RESULTS: Several DQB1 alleles and DQ haplotypes were associated with resistance to HIV-1 infection. These included DQB1*050301 (P = 0.055, Odds Ratio = 12.77, 95% Confidence Interval = 1.44-112), DQB1*0603 and DQB1*0609 (P = 0.037, Odds Ratio = 3.25, 95% Confidence Interval = 1.12-9.47), and DQA1*010201-DQB1*0603 (P = 0.044, Odds Ratio = 17.33, 95% Confidence Interval = 1.79-168). Conversely, DQB1*0602 (P = 0.048, Odds Ratio = 0.68, 95% Confidence Interval = 0.44-1.05) and DQA1*010201-DQB1*0602 (P = 0.039, Odds Ratio = 0.64, 95% Confidence Interval = 0.41-1.03) were overrepresented in the HIV-1 infected population. DQA1*0504-DQB1*0201, DQA1*010201-DQB1*0201, DQA1*0402-DQB1*0402 and DQA1*0402-DQB1*030101 genotypes were only found in HIV-1 positive subjects (Odds Ratio = 0.30-0.31, 95% Confidence Interval = 0.03-3.70), and these women seroconverted rapidly. The associations of these DQ alleles and haplotypes with resistance and susceptibility to HIV-1 were independent of the previously reported human leukocyte antigen-DRB*01, human leukocyte antigen A2/6802, and human leukocyte antigen-A*2301. CONCLUSION: The associations of DQ alleles and haplotypes with resistance and susceptibility to HIV-1 emphasize the importance of human leukocyte antigen-DQ and CD4 in anti-HIV-1 immunity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».