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Enregistrement W2021259724 · doi:10.1021/bi0601611

Component Interactions and Implications for Complex Formation in the Multicomponent Toluene 4-Monooxygenase

2006· article· en· W2021259724 sur OpenAlexfundno aff
Luke A. Moe, Lea A. McMartin, Brian G. Fox

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueMetal-Catalyzed Oxygenation Mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of British Columbia
Mots-clésChemistryFerredoxinFluorophoreOxidoreductaseEffectorTolueneMonooxygenasePlasma protein bindingBiophysicsStereochemistryBiochemistryFluorescenceEnzymeBiologyOrganic chemistryCytochrome P450

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A fluorophore-labeled form of the T4moD, the catalytic effector protein of the toluene 4-monooxygenase complex, was prepared by engineering the N-terminal region to contain a tetraCys motif and treatment with biarsenical fluorescein. Fluorescence anisotropy was used to study the protein-protein interactions among various combinations of the four components of the complex. Binding interactions were detected between T4moD and the hydroxylase component T4moH [K(D) value of 83 nM for interaction with the alphabetagamma protomer] and between T4moD and the Rieske [2Fe-2S] ferredoxin component T4moC (K(D) value of 78 nM). No binding interactions were detected between T4moD and the NADH oxidoreductase component T4moF, but T4moF was able to disrupt binding between T4moC and T4moD. The detected binding interactions suggest an intermediary electron transfer complex between T4moC and T4moD that excludes T4moF. The results indicate that specialization of effector protein function may include specific protein-protein interactions with [2Fe-2S] domains as well as the hydroxylase component.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,569

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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