Conservation genomics of Atlantic salmon: variation in gene expression between and within regions of the Bay of Fundy
Notice bibliographique
Résumé
Due to difficulties in identifying important within-species biodiversity for effective species management and conservation, the use of multiple complementary sources of information is required to identify and assess the designation of conservation units based on the degree of variation among populations within a species. In this study, we combined estimates of microsatellite and transcriptomic variation to assess the population structure and potential for adaptive variation of threatened Atlantic salmon, Salmo salar, among rivers in the Bay of Fundy. In general, population structure identified by genetic differentiation was consistent with the patterns of variation in gene expression, although there was not a strong correlation between neutral genetic variation and variation in gene expression. Both data sets provided clear indication of strong regional differentiation between rivers located within the inner Bay of Fundy relative to rivers located within the outer Bay of Fundy or the Southern Upland region, and there was also support for more refined population structure. Both data sets indicated that Atlantic salmon populations from the inner and outer Bay of Fundy reflect unique genetic lineages, with some evidence of population differentiation between regions of the inner Bay of Fundy, and between individual rivers within a region. Consistency of the microarray data across 2 years helped to validate the use of this technique as a useful tool in assessment of variation among wild populations for species conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».