Transgene copy number estimation and analysis of gene expression levels in Populusspp. transgenic lines
Notice bibliographique
Résumé
BackgroundThe genus Populus has certain important features, suchas a relatively small nuclear genome, it can be easilyregenerated easily in vitro and genetically transformedby Agrobacterium vector system, which make it ideal forgene transfer and molecular genetic studies in foresttrees [1]. Insect-tolerant poplars have been obtainedusing several types of insecticidal genes coding for Bacil-lus thuringiensis-toxins. Regenerated plants with insect-resistance were obtained in different studies. Agrobacter-ium-mediated transformation has been the favoredmethod for the introduction of foreign genes into plants.The effectiveness of insect-resistance in transgenicplants is related to the side effects of gene transfer (siteof gene insertion, copy number, gene silencing etc.).Moreover intransgenic plants, transgene copy numbercan greatly affect the expression level and genetic stabi-lity of the target gene, making estimation of transgenecopy numbers an important area of genetically modifiedplant research [2]. Thus molecular biological analysis oftransgenic plants, like real time PCR, widely used todetect and quantify DNA and cDNA [3], could repre-sent an useful tool to investigate the genetic stability oftransgenic forest trees having a long life cycleas well asfor determining copy number in transformed plants.Material and methodsThe present study was undertaken to investigatePopu-lus alba and P. tremula x P. tremuloides transgeniclines, obtained via Agrobacterium-mediated transforma-tion, carrying cry1Ab and nptII genes in the T-DNAregion. The plants were vegetatively propagated ingrowth chambers over 2 years. Ten individuals fromeach clone were planted in containers with “forest soil”,and grown in a climate chamber.Extraction of genomic DNA and RNA from leaves wasperformed for PCR and Real Time PCR (RT-PCR) ana-lysis to estimate the transgene copy number [4] as wellas expression of the inserted gene [5]in transgenicpoplar, respectively.Results and discussionAll lines contained one copy ofcry gene and two ofthem showed that the copy number was different forthe cry1Ab and nptII genes, suggesting rearrangementsor multiple but incomplete copies of the transferredDNA (Figure 1). The copy number was concordantamong the 3 individuals of each lines analysed and withthose determined from the same transgenic lines kept inmicropropagation for 2 years.The transcript levels from both genes were deter-mined in 3 individuals for each line growing in climaticchambers. High levels of mRNA expression weredetected with respect to the stable endogenousactingene for both transgenic lines (Figure 2). Comparing thetranscript level of inserted genes among lines, a signifi-cant low level of nptII gene (p = 0.005) in the line carry-ing 3 copies was observed.Preliminary results indicate a differential expression ofendogenous genes among transgenic lines and towardstheir isogenic form.ConclusionsThe evaluation of the copy number of the insertedgenes has indicated their stability after 2 years of
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».