Phylogenetic diversity of transition and anoxic zone bacterial communities within a near‐shore anoxic basin: Nitinat Lake
Notice bibliographique
Résumé
At two stations surveyed in Nitinat Lake, a approximately 200-m-deep anoxic tidal fjord, sulfide was detected as close as 15 m from the surface. Biological characterization, determined from small subunit ribosomal RNA gene sequencing, of the chemocline and anaerobic zone revealed many sequences related to sulfur-oxidizing bacteria, suggesting that sulfur cycling is a dominant process. gamma- and epsilon-Proteobacteria related to thiotrophic symbionts, as well as Chlorobium sp., dominated the transition zone. These are expected to play a role in dark and phototrophic CO(2) fixation, respectively. epsilon-Proteobacteria phylotype abundance increased with depth, eventually comprising 69-97% of all sequences recovered from the anoxic zone. The vast majority (74%) of these phylotypes were affiliated with a novel Acrobacter sp. group (NITEP5). Quantification of NITEP5 revealed that up to 2.8 x 10(5) cells ml(-1) were present in the anoxic zone. Surprisingly, although sequences related to known sulfate-reducing bacteria were recovered from the transition zone, quantification of the dsr gene and (35)SO(4)(2-) uptake tests suggest that sulfate-reduction within the water column is negligible. Overall, sequence diversity between different vertical zones was high, although the spatial segregation of gamma-Proteobacteria, Chlorobi, and epsilon-Proteobacteria did not appear to vary significantly between seasons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».