A PCR-Based Assay to Detect <i>Rhynchosporium secalis</i> in Barley Seed
Notice bibliographique
Résumé
A polymerase chain reaction (PCR)-based diagnostic assay was developed to detect Rhynchosporium secalis, the barley scald fungus, in barley seed. Species-specific primers were designed based on sequence data of a region consisting of the 5.8S RNA gene and internal transcribed spacers 1 and 2 of R. secalis. The sequenced regions showed 100% homology between the two R. secalis isolates and 93% homology between R. secalis and R. orthosporum. Five sets of synthesized oligonucleotide primers were tested for their specificity using 29 isolates of R. secalis of diverse geographic origins and from different barley cultivars. In addition, DNA extracts from 22 species of microbes either taxonomically related to or from the same niche as R. secalis were tested as negative controls. Among five sets of primers, a primer set, RS8 and RS9, was selected for use in detecting R. secalis because it amplified a 264-bp fragment from the DNA of all R. secalis isolates but not the DNA from other species used for validation of the specificity of this primer set. This primer set was also used to detect R. secalis in barley seed and successfully amplified the predicted size of the DNA fragment in the infected material. PCR detection of as little as 1 to 10 pg of R. secalis DNA was possible. The method described here requires 1 day for completion, compared to 10 days required for the cultural method.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».