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Enregistrement W2021505896 · doi:10.1097/pas.0b013e3182262743

Frequency of Known Gene Rearrangements in Endometrial Stromal Tumors

2011· article· en· W2021505896 sur OpenAlexaff
Sarah Chiang, Rola H. Ali, Nataliya Melnyk, Jessica N. McAlpine, David G. Huntsman, C. Blake Gilks, Cheng‐Han Lee, Esther Oliva

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Surgical Pathology · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueUterine Myomas and Treatments
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFusion geneBiologyChromosomal translocationEndometrial stromal sarcomaStromal cellCancer researchFluorescence in situ hybridizationGeneGeneticsChromosome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Translocations resulting in gene fusion are characteristic of endometrial stromal tumors (ESTs). Rearrangements of JAZF1, SUZ12, PHF1, and EPC1 have been reported in endometrial stromal nodules (ESNs), endometrial stromal sarcomas (ESSs), and rarely in undifferentiated endometrial sarcomas (UESs). Detection of JAZF1, SUZ12, EPC1, and PHF1 rearrangement by fluorescence in situ hybridization was performed on tissue microarrays consisting of 94 ESTs of classic and variant morphology (20 ESNs, 43 primary uterine ESSs, 15 metastatic uterine ESSs, 4 primary extrauterine ESSs, 7 primary uterine UESs, and 5 unclassified ESTs), 16 Müllerian adenosarcomas, 2 malignant mixed Müllerian tumors, 2 uterine tumors resembling ovarian sex-cord tumors, 2 highly cellular leiomyomas, 1 leiomyosarcoma, and 7 polypoid endometriosis. Rearrangements were detected in 42 of 78 (54%) uterine ESTs, with JAZF1-SUZ12 fusion found in 50% of ESNs and in 33% of ESSs and JAZF1-PHF1 and EPC1-PHF1 fusions found in 1% and <1% of ESSs, respectively. PHF1 and JAZF1 were rearranged with unknown partners in 8 uterine ESTs. JAZF1-SUZ12 fusion, EPC1-PHF1 fusion, and PHF1 rearrangement were found in 3 extrauterine ESSs, whereas no rearrangements were observed in UESs or in any other non-EST studied. Our data confirm that gene rearrangements are present in more than 50% of uterine ESTs, with JAZF1-SUZ12 fusion being the most common, followed by rare EPC1-PHF1 and JAZF1-PHF1 fusions. The presence of identical gene rearrangements in both uterine and extrauterine ESTs suggests a similar pathogenesis. The presence of detectable gene rearrangements in uterine ESS may predict better patient outcome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations149
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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