Conformational Dynamics of a Central Trisaccharide Fragment of the Le<sup>a</sup>Le<sup>x</sup> Tumor Associated Antigen Studied by NMR Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Certain carbohydrate structures are recognized as cancer antigens, and identification of these and relevant epitopes are essential in fighting the disease. The trisaccharide β‐ D ‐Glc p NAc‐(1→3)‐β‐ D ‐Gal p ‐(1→4)‐β‐ D ‐Glc p NAc‐OMe represents a model for the central region of the Le a Le x hexasaccharide and it has herein been investigated by 1D 1 H, 1 H‐NOESY experiments to obtain effective interresidue proton–proton distances as well as by 2D J‐HMBC experiments to determine transglycosidic 3 J CH coupling constants. Molecular dynamics (MD) simulations using explicit water as solvent and three different carbohydrate force fields, namely, GLYCAM06, PARM22/SU01, and CHARMM2011, were employed for the interpretation of experimental data. Overall, the force field based MD simulations are able to reproduce the experimental data and the ψ torsion angle at the β‐(1→3)‐linkage is concluded to be flexible. In addition, different minor states were present for the three force fields with either anti‐ ψ or non‐ exo ‐anomeric conformations. Transitions between the exo ‐anomeric and the non‐ exo ‐anomeric conformations for the φ torsion angle at the β‐(1→4)‐linkage in one of the MD simulations were analyzed in detail. It was found that hydrogen‐bonding water molecules, interresidue hydrogen bonds and the transitions between antiperiplanar and synperiplanar conformations for the τ H torsion angle of an N‐acetyl group were all essential in the description of the glycosidic transition process. In particular, the transition of τ H may be a general way of regulating other transitions into less populated but biologically important conformational regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».