Roles of Glucitol in the GutR-mediated Transcription Activation Process in Bacillus subtilis
Notice bibliographique
Résumé
GutR is a 95-kDa glucitol-dependent transcription activator that mediates the expression of the Bacillus subtilis glucitol operon. Glucitol allows GutR to bind tightly to its binding site located upstream of the gut promoter. In this study, a second functional role of glucitol is identified. Glucitol induces GutR to change its conformation and triggers GutR to bind ATP efficiently. After sequential binding of glucitol and ATP to GutR, GutR adopts a new conformation by forming a compact structure that is resistant to trypsin digestion. Under this condition, the ATP.glucitiol.GutR complex can dissociate slowly from the gutR-binding site (t(12) = 274 min). Interestingly, if ATP in the ATP.glucitiol.GutR complex is replaced by ADP, GutR adopts another conformation and can dissociate from the gutR-binding site even faster (t(12) = 82 min). In all these GutR-DNA binding studies in the presence of different ligands (glucitol, ATP, or ADP), only the off-rate is affected. The vital role of ATP in the GutR-mediated transcription activation process is reflected by the poor transcription from the gut promoter with GutR(D285A) which has a mutation in the motif B of the putative ATP-binding site. A working model for this transcription activation process is presented.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».