Structure of Metaphase Chromosomes: A Role for Effects of Macromolecular Crowding
Notice bibliographique
Résumé
In metaphase chromosomes, chromatin is compacted to a concentration of several hundred mg/ml by mechanisms which remain elusive. Effects mediated by the ionic environment are considered most frequently because mono- and di-valent cations cause polynucleosome chains to form compact ~30-nm diameter fibres in vitro, but this conformation is not detected in chromosomes in situ. A further unconsidered factor is predicted to influence the compaction of chromosomes, namely the forces which arise from crowding by macromolecules in the surrounding cytoplasm whose measured concentration is 100-200 mg/ml. To mimic these conditions, chromosomes were released from mitotic CHO cells in solutions containing an inert volume-occupying macromolecule (8 kDa polyethylene glycol, 10.5 kDa dextran, or 70 kDa Ficoll) in 100 µM K-Hepes buffer, with contaminating cations at only low micromolar concentrations. Optical and electron microscopy showed that these chromosomes conserved their characteristic structure and compaction, and their volume varied inversely with the concentration of a crowding macromolecule. They showed a canonical nucleosomal structure and contained the characteristic proteins topoisomerase IIα and the condensin subunit SMC2. These observations, together with evidence that the cytoplasm is crowded in vivo, suggest that macromolecular crowding effects should be considered a significant and perhaps major factor in compacting chromosomes. This model may explain why ~30-nm fibres characteristic of cation-mediated compaction are not seen in chromosomes in situ. Considering that crowding by cytoplasmic macromolecules maintains the compaction of bacterial chromosomes and has been proposed to form the liquid crystalline chromosomes of dinoflagellates, a crowded environment may be an essential characteristic of all genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».