Rapid molecular technique for identification of a biological control agent <i>Rhodosporidium diobovatum</i>
Notice bibliographique
Résumé
The purpose of this study was to develop a rapid molecular technique for identification of the biological control agent, Rhodosporidium diobovatum. DNA from all yeast cultures described below was extracted, amplified by PCR using primers specific to septate fungi, and fixed to nylon membranes. Using sequence information obtained from the GenBank database, Rhodosporidium diobovatum-specific oligonucleotides were designed and, after labeling with digoxigenin-d-UTP, were used as probes in a dot-blot hybridization assay. After preliminary testing, two probes were selected for further study. For probe RD3, a positive reaction was obtained at 38, 42 and 48°C with R. diobovatum in pure culture. Other yeast isolates such as Rhodosporidium toruloides, R. fluviale, R. babjevae, R. sphaerocarpum, R. kratochvilovae, R. azoricum, Pichia anomala, and some common greenhouse pathogens tested gave a negative result. The other probe (RD1) reacted with two species, R. diobovatum and R. babjevae at 42°C. The present dot-blot assay can be used reliably to identify the biocontrol agent, Rhodosporidium diobovatum, from pure culture and plant tissue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».