Identification of redox sensitive thiols of protein disulfide isomerase using isotope coded affinity technology and mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Regulation of the redox state of protein disulfide isomerase (PDI) is critical for its various catalytic functions. Here we describe a procedure utilizing isotope-coded affinity tag (ICAT) technology and mass spectrometry that quantitates relative changes in the dynamic thiol and disulfide states of human PDI. Human PDI contains six cysteine residues, four present in two active sites within the a and a' domains, and two present in the b' domain. ICAT labeling of human PDI indicates a difference between the redox state of the two active sites. Furthermore, under auto-oxidation conditions an approximately 80% decrease in available thiols within the a domain was detected. Surprisingly, the redox state of one of the two cysteines, Cys-295, within the b' domain was altered between the fully reduced and the auto-oxidized state of PDI while the other b' domain cysteine remained fully reduced. An interesting mono- and dioxidation modification of an invariable tryptophan residue, Trp-35, within the active site was also mapped by tandem mass spectrometry. Our findings indicate that ICAT methodology in conjunction with mass spectrometry represents a powerful tool to monitor changes in the redox state of individual cysteine residues within PDI under various conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».