DFT Investigation of Dehalogenation of Adenine−Halouracil Base Pairs upon Low-Energy Electron Attachment
Notice bibliographique
Résumé
The energetics of the dehalogenation of adenine-halouracil base pairs (A5XU), upon attachment of low-energy electrons, was investigated by use of density functional theory. These results are compared to those of single halouracils reported previously [J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11248-11253]. Using the B3LYP functionals it was found that the gas phase adiabatic electron affinities (EA) of halogenated base pairs (A5BrU 0.59, A5ClU 0.56, A5FU 0.47 eV) are higher than that of AU (0.32 eV) and are slightly higher or comparable to the other DNA abundant base pair, guanine-cytosine (0.49 eV). Base pairing with adenine slightly decreases the EA of the halouracils, in contrast to the substantial increase in EA on base pairing of natural bases; as a result, the probability of electron capture by halouracils when in double-stranded DNA is suggested to be substantially reduced relative to that in single-stranded DNA. Even though the activation barriers for dehalogenation are small for both BrU-A and ClU-A, only the former has negative values of both DeltaH (-0.95 kcal/mol) and DeltaG (-1.52), while the latter has negative DeltaG (-0.28) but positive DeltaH (1.27). Infinite separations into halogen anions plus the remaining A-U-5-yl neutral radical are energetically unfavorable owing to sizable halide ion, radical interactions as reported earlier for non base paired halouracils. It is found that base pairing does not change the reactive nature of the uracil-5-yl radical. The results suggest that the radiosensitization properties of halouracils should be less effective in double-stranded DNA than in single-stranded DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».