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Enregistrement W2023345143 · doi:10.1002/iub.52

Structure–function studies of glutamate synthases: A class of self‐regulated iron‐sulfur flavoenzymes essential for nitrogen assimilation

2008· review· en· W2023345143 sur OpenAlexaff
Maria A. Vanoni, Bruno Curti

Notice bibliographique

RevueIUBMB Life · 2008
Typereview
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant nutrient uptake and metabolism
Établissements canadiensTellabs (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGlutamate synthaseGlutamine amidotransferaseCofactorFerredoxinOxidoreductaseNAD+ kinaseChemistryBiochemistryATP synthaseStereochemistryFlavin mononucleotideActive siteEnzymeGlutamine synthetaseGlutamineBiologyAmino acid

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glutamate synthases play with glutamine synthetase an essential role in nitrogen assimilation processes in microorganisms, plants, and lower animals by catalyzing the net synthesis of one molecule of L-glutamate from L-glutamine and 2-oxoglutarate. They exhibit a modular architecture with a common subunit or region, which is responsible for the L-glutamine-dependent glutamate synthesis from 2-oxoglutarate. Here, a PurF- (Type II- or Ntn-) type amidotransferase domain is coupled to the synthase domain, a (beta/alpha)8 barrel containing FMN and one [3Fe-4S]0,+1 cluster, through a approximately 30 angstroms-long intramolecular tunnel for the transfer of ammonia between the sites. In bacterial and eukaryotic GltS, reducing equivalents are provided by reduced pyridine nucleotides thanks to the stable association with a second subunit or region, which acts as a FAD-dependent NAD(P)H oxidoreductase and is responsible for the formation of the two low potential [4Fe-4S]+1,+2 clusters of the enzyme. In photosynthetic cells, reduced ferredoxin is the physiological reductant. This review focus on the mechanism of cross-activation of the synthase and glutaminase reactions in response to the bound substrates and the redox state of the enzyme cofactors, as well as on recent information on the structure of the alphabeta protomer of the NADPH-dependent enzyme, which sheds light on the intramolecular electron transfer pathway between the flavin cofactors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,981
Score d'incertitude au seuil0,656

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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