Systematic Association Mapping Identifies NELL1 as a Novel IBD Disease Gene
Notice bibliographique
Résumé
Crohn disease (CD), a sub-entity of inflammatory bowel disease (IBD), is a complex polygenic disorder. Although recent studies have successfully identified CD-associated genetic variants, these susceptibility loci explain only a fraction of the heritability of the disease. Here, we report on a multi-stage genome-wide scan of 393 German CD cases and 399 controls. Among the 116,161 single-nucleotide polymorphisms tested, an association with the known CD susceptibility gene NOD2, the 5q31 haplotype, and the recently reported CD locus at 5p13.1 was confirmed. In addition, SNP rs1793004 in the gene encoding nel-like 1 precursor (NELL1, chromosome 11p15.1) showed a consistent disease-association in independent German population- and family-based samples (942 cases, 1082 controls, 375 trios). Subsequent fine mapping and replication in an independent sample of 454 French/Canadian CD trios supported the authenticity of the NELL1 association. Further confirmation in a large German ulcerative colitis (UC) sample indicated that NELL1 is a ubiquitous IBD susceptibility locus (combined p<10(-6); OR = 1.66, 95% CI: 1.30-2.11). The novel 5p13.1 locus was also replicated in the French/Canadian sample and in an independent UK CD patient panel (453 cases, 521 controls, combined p<10(-6) for SNP rs1992660). Several associations were replicated in at least one independent sample, point to an involvement of ITGB6 (upstream), GRM8 (downstream), OR5V1 (downstream), PPP3R2 (downstream), NM_152575 (upstream) and HNF4G (intron).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».