Structural and Biochemical Identification of a Novel Bacterial Oxidoreductase
Notice bibliographique
Résumé
By using a bioinformatics screen of the Escherichia coli genome for potential molybdenum-containing enzymes, we have identified a novel oxidoreductase conserved in the majority of Gram-negative bacteria. The identified operon encodes for a proposed heterodimer, YedYZ in Escherichia coli, consisting of a soluble catalytic subunit termed YedY, which is likely anchored to the membrane by a heme-containing trans-membrane subunit termed YedZ. YedY is uniquely characterized by the presence of one molybdenum molybdopterin not conjugated by an additional nucleotide, and it represents the only molybdoenzyme isolated from E. coli characterized by the presence of this cofactor form. We have further characterized the catalytic subunit YedY in both the molybdenum- and tungsten-substituted forms by using crystallographic analysis. YedY is very distinct in overall architecture from all known bacterial reductases but does show some similarity with the catalytic domain of the eukaryotic chicken liver sulfite oxidase. However, the strictly conserved residues involved in the metal coordination sphere and in the substrate binding pocket of YedY are strikingly different from that of chicken liver sulfite oxidase, suggesting a catalytic activity more in keeping with a reductase than that of a sulfite oxidase. Preliminary kinetic analysis of YedY with a variety of substrates supports our proposal that YedY and its many orthologues may represent a new type of membrane-associated bacterial reductase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».