A comprehensive comparison of assays for detection and identification of <i>Ralstonia solanacearum</i> race 3 biovar 2
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: To determine the reliable combination of protocols for specific detection and identification of R. solanacearum race 3 biovar 2 (R3bv2) through a comprehensive comparison among currently available techniques. METHODS AND RESULTS: Sensitivity and specificity of the conventional isolation, bioassay, serological assays, conventional and real-time PCR and multiplex PCR were assessed for the detection of 25 strains of R. solanacearum biovars 1, 2 and 3 (Phylotypes I, II, III and IV) in spiked potato saps. Results indicated that all assays evaluated varied in complexity and sensitivity and should be applied strategically in indexing schemes to maximize efficiency of testing without compromising accuracy of the results. CONCLUSIONS: The TaqMan PCR assay, with an internal reaction control and confirmation by melting curve and electrophoretic analysis, achieved best sensitivity at 10(2) -10(3 ) CFU ml(-1) for all eighteen strains of R. solanacearum R3bv2. Selective enrichment on mSMSA medium plates enhanced the detection sensitivity up to 10-100 CFU ml(-1) for the conventional PCR-based assays. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This is the first time nine different assays were compared side by side for their sensitivity and specificity in detection and identification of R. solanacearum R3bv2. The data accumulated here will provide basis for regulatory applications for low level detection and rapid identification of latently infections caused by R. solanacearum R3bv2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».