An integrated SSR and RFLP linkage map of<i>Sorghum bicolor</i>(L.) Moench
Notice bibliographique
Résumé
We report the development, testing, and use (for genetic mapping) of a large number of polymerase chain reaction (PCR) primer sets that amplify DNA simple sequence repeat (SSR) loci of Sorghum bicolor (L.) Moench. Most of the primer sets were developed from clones isolated from two sorghum bacterial artificial chromosome (BAC) libraries and three enriched sorghum genomic-DNA (gDNA) libraries. A few were developed from sorghum DNA sequences present in public databases. The libraries were probed with radiolabeled di- and trinucleotide oligomers, the BAC libraries with four and six oligomers, respectively, and the enriched gDNA libraries with four and three oligomers, respectively. Both types of libraries were markedly enriched for SSRs relative to a size-fractionated gDNA library studied earlier. However, only 2% of the sequenced clones obtained from the size-fractionated gDNA library lacked a SSR, whereas 13% and 17% of the sequenced clones obtained from the BAC and enriched gDNA libraries, respectively, lacked a SSR. Primer sets were produced for 313 SSR loci. Two-hundred sixty-six (85%) of the loci were amplified and 165 (53%) of the loci were found to be polymorphic in a population composed of 18 diverse sorghum lines. (AG/TC)n and (AC/TG)n repeats comprised 91% of the dinucleotide SSRs and 52% of all of the SSRs at the polymorphic loci, whereas four types of repeats comprised 66% of the trinucleotide SSRs at the loci. Primer sequences are reported for the 165 polymorphic loci and for eight monomorphic loci that have a high degree of homology to genes. Also reported are the genetic map locations of 113 novel SSR loci (including four SSR-containing gene loci) and a linkage map composed of 147 SSR loci and 323 RFLP (restriction fragment length polymorphism) loci. The number of SSR loci per linkage group ranges from 8 to 30. The SSR loci are distributed relatively evenly throughout approximately 75% of the 1406-cM linkage map, but segments of five linkage groups comprising about 25% of the map either lack or contain few SSR loci. Mapping of SSR loci isolated from BAC clones located to these segments is likely to be the most efficient method for placing SSR loci in the segments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».