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Here and There or Everywhere?

2004· article· en· W2024263274 sur OpenAlexaff
Marc‐André Lachance

Notice bibliographique

RevueBioScience · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineSocial Sciences
ThématiqueClimate Change, Adaptation, Migration
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAlmost everywhereMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Whether or not the notion that “everything is everywhere” is “taken for granted by most” (Fenchel and Finlay 2004) remains to be seen, but one cannot deny that the proposition has had stifling effects on microbial community ecology in the last century. and Tom Fenchel and Bland Finlay seem determined to perpetuate the myth of ubiquity despite all evidence to the contrary. They simply brush away serious criticisms of ubiquity (Foissner 1999, Coleman 2002, Whitaker et al. 2003) and disregard reports of endemism or vicariant distributions in microorganisms (Cho and Tiedje 2000, Curtis et al. 2002, Bohonak and Jenkins 2003, Darling et al. 2004). The idea that small organisms are randomly spread over the planet, first formulated by Baas-Becking (Quispel 1998) and recently acclaimed by Finlay (2002), has enormous implications. According to the ubiquity dogma, microbial biogeography is a futile pursuit. Microbiologists “need not travel to exotic places,” as “most microorganisms can be found at the local seashore.” If “local extinction [of microorganisms] rarely, if ever, takes place,” then microorganisms should never play a meaningful role in conservation and a microbial species would never become globally extinct. The first fundamental flaw in the ubiquity theorem is the acceptance of the morphological species as a meaningful concept (“the only viable operational approach”) in microbiology. This flies in the face of the recent DNA sequencing revolution in microbial systematics, which provides clear identification tools and demonstrates widespread species crypticity and genetic structuring of regional populations. It is not surprising that an identification system that fails to discern species should give rise to flat species–area curves and break every other rule of biodiversity theory. Bacteriologists and yeast systematists have been aware for quite some time that microbial classifications based on morphotypes are rather meaningless. Fenchel and Finlay (2004) further fail the reader through their unrestrained proclivity for generalization. Let us for a moment grant that some aquatic protozoa may be truly “free-living,” that some can be identified correctly by simple microscopy (but see Nanney 2004), and that the global distribution of some species may be random. Extending such propositions to all small organisms, however, as Fenchel and Finlay do, is indeed a colossal leap.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,063

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0030,010
Communication savante0,0060,011
Science ouverte0,0000,002
Intégrité de la recherche0,0040,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0190,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,148
Tête enseignante GPT0,343
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations50
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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