Notice bibliographique
Résumé
Whether or not the notion that “everything is everywhere” is “taken for granted by most” (Fenchel and Finlay 2004) remains to be seen, but one cannot deny that the proposition has had stifling effects on microbial community ecology in the last century. and Tom Fenchel and Bland Finlay seem determined to perpetuate the myth of ubiquity despite all evidence to the contrary. They simply brush away serious criticisms of ubiquity (Foissner 1999, Coleman 2002, Whitaker et al. 2003) and disregard reports of endemism or vicariant distributions in microorganisms (Cho and Tiedje 2000, Curtis et al. 2002, Bohonak and Jenkins 2003, Darling et al. 2004). The idea that small organisms are randomly spread over the planet, first formulated by Baas-Becking (Quispel 1998) and recently acclaimed by Finlay (2002), has enormous implications. According to the ubiquity dogma, microbial biogeography is a futile pursuit. Microbiologists “need not travel to exotic places,” as “most microorganisms can be found at the local seashore.” If “local extinction [of microorganisms] rarely, if ever, takes place,” then microorganisms should never play a meaningful role in conservation and a microbial species would never become globally extinct. The first fundamental flaw in the ubiquity theorem is the acceptance of the morphological species as a meaningful concept (“the only viable operational approach”) in microbiology. This flies in the face of the recent DNA sequencing revolution in microbial systematics, which provides clear identification tools and demonstrates widespread species crypticity and genetic structuring of regional populations. It is not surprising that an identification system that fails to discern species should give rise to flat species–area curves and break every other rule of biodiversity theory. Bacteriologists and yeast systematists have been aware for quite some time that microbial classifications based on morphotypes are rather meaningless. Fenchel and Finlay (2004) further fail the reader through their unrestrained proclivity for generalization. Let us for a moment grant that some aquatic protozoa may be truly “free-living,” that some can be identified correctly by simple microscopy (but see Nanney 2004), and that the global distribution of some species may be random. Extending such propositions to all small organisms, however, as Fenchel and Finlay do, is indeed a colossal leap.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,010 |
| Communication savante | 0,006 | 0,011 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,019 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».