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Enregistrement W2024290404 · doi:10.1002/ajmg.b.30673

Replication of linkage with bipolar disorder on chromosome 16p in the eastern Quebec population

2007· article· en· W2024290404 sur OpenAlexafffundabout
Chantal Mérette, Marc‐André Roy, Alexandre Bureau, Alain Fournier, Claudia Émond, Denis Cliche, Valérie Jomphe, Michel Maziade

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part B Neuropsychiatric Genetics · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésLinkage (software)Sample (material)Replication (statistics)Nonparametric statisticsPopulationSample size determinationLod scoreGeneticsStatisticsPsychologyBiologyChromosomeMedicineMathematicsChemistryGeneGene mapping

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In a previous study [Maziade et al. (2005); Mol Psychiatry 10:486-499], we provided evidence for linkage (parametric lod score of 4.05) on chromosome 16p for bipolar affective disorder (BP) in 21 kindreds from Eastern Quebec, a population characterized by a founder effect. Using a stringent design, we performed a replication study in a second sample of 27 kindreds (sample 2) collected from the same population and assessed with the same methodologies as in our original sample (sample 1), that is with the same diagnostic procedure and using a common set of 23 markers studied with model-based (parametric) and model-free (nonparametric) linkage analyses. We replicated our initial finding with P values <0.001. Indeed, maximum NPL(all) scores of 3.7 and 3.52 were found at marker D16S3060 in sample 2 for the narrow and broad BP phenotype definition, respectively. For the latter definition, the nonparametric score reached 3.87 in the combined sample, a value that exceeded the maximum NPL score obtained in each individual sample (NPL(all) = 2.32 in sample 1; NPL(all) = 3.52 in sample 2). Moreover, a refined phenotype restricted to BP associated with psychosis yielded significant evidence for linkage in each individual sample (NPL(all) = 2.38 in sample 1; NPL(all) = 2.72) while yielding the best result (NPL(all) score = 3.90) in the combined sample (samples 1 and 2), despite an important reduction in the number of affected individuals. It is also noteworthy that the use of the refined phenotype provided a location of the maximum linkage peak shared by both samples, that is, at marker D16S668 in 16p13.12, suggesting consistency across samples. Our study provided one of the strongest pieces of evidence for linkage with BP in 16p and illustrated the heuristic potential of a replication study in a second sample ascertained from the same population and using homogeneous methodologies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,359
Score d'incertitude au seuil0,742

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2007
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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