High‐resolution structure and biochemical properties of a recombinant <i>Proteus mirabilis</i> catalase depleted in iron
Notice bibliographique
Résumé
Heme catalases are homotetrameric enzymes with a highly conserved complex quaternary structure, and their functional role is still not well understood. Proteus mirabilis catalase (PMC), a heme enzyme belonging to the family of NADPH-binding catalases, was efficiently overexpressed in E. coli. The recombinant catalase (rec PMC) was deficient in heme with one-third heme and two-thirds protoporphyrin IX as determined by mass spectrometry and chemical methods. This ratio was influenced by the expression conditions, but the enzyme-specific activity calculated relative to the heme content remained unchanged. The crystal structure of rec PMC was solved to a resolution of 2.0 A, the highest resolution obtained to date with PMC. The overall structure was quite similar to that of wild-type PMC, and it is surprising that the absence of iron had no effect on the structure of the active site. Met 53 close to the essential His 54 was found less oxidized in rec PMC than in the wild-type enzyme. An acetate anion was modeled in an anionic pocket, away from the heme group but important for the enzymatic reaction. An alternate conformation observed for Arg 99 could play a role in the formation of the H-bond network connecting two symmetrical subunits of the tetramer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».