Insight into the key interactions of bromodomain inhibitors based on molecular docking, interaction fingerprinting, molecular dynamics and binding free energy calculation
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The bromodomain is a key protein-protein interaction module that specifically reads the acetylation marks of histones in epigenetic regulation. Currently, lots of inhibitors targeting the bromodomain have been reported as therapeutic agents. To better understand the interaction mechanism of bromodomain inhibitors, 20 diverse bromodomain inhibitors were studied using a combination of computational methods, including molecular docking, interaction fingerprinting, molecular dynamics simulation and binding free energy calculation. As a result, interactions important for the activity were critically analyzed, and the energy contribution in terms of individual residues was explored. These integrated results provided insights into two hot spots in the active site of the bromodomain, where the hydrophobic hot spot formed by Trp81, Val87, Leu92 and Ile146 played a central role in the interaction, and the hydrogen-bond hot spot mediated by Asn140 exhibited a moderate contribution to the binding affinity of the bromodomain inhibitors. This interaction mechanism study may facilitate the rational design of novel small-molecule bromodomain inhibitors.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle