Deoxyribonucleic acid methylation profiling of single human blastocysts by methylated CpG-island amplification coupled with CpG-island microarray
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To study whether methylated CpG-island (CGI) amplification coupled with microarray (MCAM) can be used to generate DNA (deoxyribonucleic acid) methylation profiles from single human blastocysts. DESIGN: A pilot microarray study with methylated CpG-island amplification applied to human blastocyst genomic DNA and hybridized on CpG-island microarrays. SETTING: University research laboratory. PATIENT(S): Five cryopreserved sibling 2-pronuclear zygotes that were surplus to requirements for clinical treatment by in vitro fertilization were donated with informed consent from a patient attending Bourn Hall Clinic, Cambridge, United Kingdom. INTERVENTION(S): None. MAIN OUTCOME MEASURE(S): Successful generation of genome-wide DNA methylation profiles at CpG islands from individual human blastocysts, with common genomic regions of DNA methylation identified between embryos. RESULT(S): Between 472 and 734 CpG islands were methylated in each blastocyst, with 121 CpG islands being commonly methylated in all 5 blastocysts. A further 159 CGIs were commonly methylated in 4 of the 5 tested blastocysts. Methylation was observed at a number of CGIs within imprinted-gene, differentially methylated regions (DMRs), including placental and preimplantation-specific DMRs. CONCLUSION(S): The MCAM method is capable of providing comprehensive DNA methylation data in individual human blastocysts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».