Notice bibliographique
Résumé
Both monomeric and dimeric NADP-dependent isocitrate dehydrogenase (IDH) catalyze the oxidative decarboxylation from 2R,3S-isocitrate to yield 2-oxaloglutarate.Monomeric NADP-specific IDHs have been identified from about 50 different bacteria, whereas, dimeric NADP-dependent IDHs are diversified in both prokaryotes and eukaryotes.We have constructed the phylogenetic tree based on amino acid sequences of all bacterial monomeric NADP-IDHs.This is done to get an idea of evolutionary relationship.It is important to solve the structures of IDH from various species to correlate with its function and evolutionary significance.So far, only two crystal structures of substrate-bound (NADP or isocitrate) NADP-dependent monomeric IDH from Azotobacter Vinelandii (AvIDH) have been solved.Here, we are reporting for the first time the substrate free structure of monomeric IDH from Corynebacterium glutamicum (CgIDH) in the presence of Mg 2+ .The 1.75 structure of CgIDH-Mg 2+ showed distinctly an open conformation in contrast to the closed conformation of Av-IDH-isocitrate/NADP complexes.The changes in fluorescence intensities of CgIDH in the presence of isocitrate or NADP indicate the conformational change.The conformational changes observed in fluorescence studies agree with the structural observation.Fluorescence results also suggest a low energy barrier between CgIDH with isocitrate or NADP resulting into easy access of the other substrate to perform the catalytic reaction.In CgIDH, the amino acids corresponding to the E. coli IDH phosphorylation-loop is alpha-helical compared to the more flexible random-coil loop in E. coli.This more structured region supports the idea that activation of CgIDH is not controlled by phosphorylation.This research is funded by the NSERC and SSI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».