Development of a <i>Brassica</i> seed cDNA microarray
Notice bibliographique
Résumé
Brassica species represent several important crops including canola (Brassica napus). Understanding of genetic elements that contribute to seed-associated functions will impact future improvements in the canola crop. Brassica species share a very close taxonomic and molecular relationship with Arabidopsis thaliana. However, there are several subtle but distinct seed-associated agronomic characteristics that differ among the oil seed crop species. To address these, we have generated 67,535 ESTs predominately from Brassica seeds, analyzed these sequences, and identified 10,642 unigenes for the preparation of a targeted seed cDNA array. A set of 10,642 PCR primer pairs was designed and corresponding amplicons were produced for spotting, along with relevant controls. Critical quality control tests produced satisfactory results for use of this microarray in biological experiments. The microarray was also tested with specific RNA targets from embryos, germinating seeds, and leaf tissues. The hybridizations, signal intensities, and overall quality of these slides were consistent and reproducible. Additionally, there are 429 ESTs represented on the array that show no homology with any A. thaliana annotated gene or any gene in the Brassica genome databases or other plant databases; however, all of these probes hybridized to B. napus transcripts, indicating that the array also will be useful in defining expression patterns for genes so far unique to Brassica species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».