The International Circumpolar Surveillance Interlaboratory Quality Control Program for <i>Streptococcus pneumoniae</i> , 1999 to 2008
Notice bibliographique
Résumé
The International Circumpolar Surveillance (ICS) Program was initiated in 1999 to conduct population-based surveillance for invasive pneumococcal disease in select regions of the Arctic. An interlaboratory quality control (QC) program for pneumococcal serotyping and antibiotic susceptibility testing was incorporated into ICS by reference laboratories in northern Canada (Laboratoire de Santé Publique du Québec [LSPQ] in Sainte-Anne de Bellevue, Québec; National Centre for Streptococcus [NCS] in Edmonton, Alberta) and Alaska (Arctic Investigations Program [AIP]). The World Health Organization's Collaborating Centre for Reference and Research on Pneumococci at the Statens Serum Institute (SSI) in Copenhagen, Denmark, joined the QC program in 2004. The Iceland Reference Laboratory (IRL) in Reykjavik, Iceland, joined the QC program in 2006, but due to small sample sizes, data from IRL are not included in this report. From 1999 through 2008, 190 isolates were distributed among four laboratories (AIP, NCS, LSPQ, and SSI). The overall serotype concordance was 95.8%, and the overall serogroup concordance was 97.4%. The overall modal MIC concordance for testing by broth microdilution (BMD) and agar dilution was >96% for all the antibiotics except erythromycin (92.1%) and clindamycin (89.5%). MIC comparisons between the Etest and BMD resulted in lower concordance for erythromycin (73.9%), clindamycin (65.5%), and trimethoprim-sulfamethoxazole (80%); however, categorical concordance (susceptible, resistant) remained high at 98.6%, 89.1%, and 90.9%, respectively. Our data demonstrate a high degree of correlation of serotyping and antimicrobial susceptibility testing results between four participating laboratories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».