Genetic analysis of reproductive traits and antibody response in a PRRS outbreak herd1
Notice bibliographique
Résumé
Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is the most economically significant disease impacting pig production in North America, Europe, and Asia, causing reproductive losses such as increased rates of stillbirth and mummified piglets. The objective of this study was to explore the genetic basis of host response to the PRRS virus (PRRSV) in a commercial multiplier sow herd before and after a PRRS outbreak, using antibody response and reproductive traits. Reproductive data comprising number born alive (NBA), number alive at 24 h (NA24), number stillborn (NSB), number born mummified (NBM), proportion born dead (PBD), number born dead (NBD), number weaned (NW), and number of mortalities through weaning (MW) of 5,227 litters from 1,967 purebred Landrace sows were used along with a pedigree comprising 2,995 pigs. The PRRS outbreak date was estimated from rolling averages of farrowing traits and was used to split the data into a pre-PRRS phase and a PRRS phase. All 641 sows in the herd during the outbreak were blood sampled 46 d after the estimated outbreak date and were tested for anti-PRRSV IgG using ELISA (sample-to-positive [S/P] ratio). Genetic parameters of traits were estimated separately for the pre-PRRS and PRRS phase data sets. Sows were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip, and genome-wide association studies (GWAS) were performed using method Bayes B. Heritability estimates for reproductive traits ranged from 0.01 (NBM) to 0.12 (NSB) and from 0.01 (MW) to 0.12 (NBD) for the pre-PRRS and PRRS phases, respectively. S/P ratio had heritability (0.45) and strong genetic correlations with most traits, ranging from -0.72 (NBM) to 0.73 (NBA). In the pre-PRRS phase, regions associated with NSB and PBD explained 1.6% and 3% of the genetic variance, respectively. In the PRRS phase, regions associated with NBD, NSB, and S/P ratio explained 0.8%, 11%, and 50.6% of the genetic variance, respectively. For S/P ratio, 2 regions on SSC 7 (SSC7) separated by 100 Mb explained 40% of the genetic variation, including a region encompassing the major histocompatibility complex, which explained 25% of the genetic variance. These results indicate a significant genomic component associated with PRRSV antibody response and NSB in this data set. Also, the high heritability and genetic correlation estimates for S/P ratio during the PRRS phase suggest that S/P ratio could be used as an indicator of the impact of PRRS on reproductive traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».