Dissimilatory reduction of nitrate in seawater by a <i>Methylophaga</i> strain containing two highly divergent <i>narG</i> sequences
Notice bibliographique
Résumé
Methylophaga spp. are methylotrophs commonly associated with marine environments and have been defined as strict aerobic methylotrophs. They have been shown previously to represent 50-70% of the bacterial population in the biofilm of the methanol-fed denitrification reactor treating a large seawater aquarium at the Montreal Biodome. It was therefore surprising to find such a high concentration of Methylophaga spp. in anoxic conditions. In this study, we showed by cultivation-independent and -dependent approaches that one Methylophaga strain present in the anoxic biofilm is involved in the denitrification process. DNA stable-isotope probing (SIP) experiments in which the biofilm was cultured under denitrifying conditions with (13)C-methanol have revealed the enrichment of one particular taxon. By screening a 16S ribosomal RNA gene library derived from a (13)C-DNA fraction of the SIP gradients, 62% of the library was composed of one sequence affiliated with the genus Methylophaga. One strain, named JAM1, representing this Methylophaga species was isolated. It grows aerobically but also under denitrifying conditions by reducing nitrate into nitrite. The nitrate-reducing activity was correlated with the presence and the expression of two highly divergent narG genes (narG1 and narG2). narG1 showed a high percentage of identity with the corresponding part of narG found in Thiobacillus denitrificans, which suggests a recent acquisition of narG in strain JAM1 by horizontal gene transfer. This study provides the first direct evidence of the adaptation of a Methylophaga species to an oxygen-limited environment.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».