Impact of amino acid changes in the signal peptide on the secretion of the Tat-dependent xylanase C from<i>Streptomyces lividans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Xylanase C (XlnC) is a cofactorless protein secreted through the twin arginine translocation (Tat)-dependent secretion pathway by Streptomyces lividans. Its signal peptide contains the SRRGFLG sequence, which is similar to the twin-arginine consensus motif. The 49 amino acid-long signal peptide was analyzed by random, site-directed and site-saturation mutagenesis and the effect of these mutations on XlnC secretion determined. None of the mutations abolished XlnC production and the decreased yields were attributed to the low processing rate of precursors ranging from 2 to 5 h instead of 11 min for the wild-type precursor. Replacement of phenylalanine in the consensus motif by other amino acid residues decreased XlnC secretion by 75%, except for a tryptophan substitution which demonstrated a 50% decrease. Charge distribution in the n-domain of the signal peptide was more important than the net charge. Replacement of the signal peptidase recognition site A-H-A by either A-H-E, V-D-S or R-L-E did not affect precursor processing, indicating that the presence of the conserved residues found in the signal peptidase recognition site is not a prerequisite for the processing of Tat-substrates as it is for the processing of Sec-substrates in S. lividans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».