Three-Dimensional Structure of Rat Surfactant Protein A Trimers in Association with Phospholipid Monolayers<sup>,</sup>
Notice bibliographique
Résumé
Surfactant protein A (SP-A) is a C-type lectin found primarily in the lung and plays a role in innate immunity and the maintenance of surfactant integrity. To determine the three-dimensional (3D) structure of SP-A in association with a lipid ligand, we have used single particle electron crystallography and computational 3D reconstruction in combination with molecular modeling. Recombinant rat SP-A, containing a deletion of the collagen-like domain, was incubated with dipalmitoylphosphatidylcholine:egg phosphatidylcholine (1:1, wt/wt) lipid monolayers in the presence of calcium, negatively stained, and examined by transmission electron microscopy. Images of SP-A-lipid complexes with different angular orientations were used to reconstruct the 3D structure of the protein. These results showed that SP-A subunits readily formed trimers and interacted with lipid monolayers exclusively via the globular domains. A homology-based molecular model of SP-A was generated and fitted into the electron density map of the protein. The plane of the putative lipid-protein interface was relatively flat and perpendicular to the hydrophobic neck region, and the cleft region in the middle of the trimer had no apparent charge clusters. Amino acid residues that are known to affect lipid interactions, Glu(195) and Arg(197), were located at the protein-lipid interface. The molecular model indicated that the hydrophobic neck region of the SP-A did not interact with lipid monolayers but was instead involved in intratrimeric subunit interactions. The glycosylation site of SP-A was located at the side of each subunit, suggesting that the covalently linked carbohydrate moiety probably occupies the spaces between the adjacent globular domains, a location that would not sterically interfere with ligand binding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».