Molecular characterization of the TonB2 protein from the fish pathogen<i>Vibrio anguillarum</i>
Notice bibliographique
Résumé
In the fish pathogen Vibrio anguillarum the TonB2 protein is essential for the uptake of the indigenous siderophore anguibactin. Here we describe deletion mutants and alanine replacements affecting the final six amino acids of TonB2. Deletions of more than two amino acids of the TonB2 C-terminus abolished ferric-anguibactin transport, whereas replacement of the last three residues resulted in a protein with wild-type transport properties. We have solved the high-resolution solution structure of the TonB2 C-terminal domain by NMR spectroscopy. The core of this domain (residues 121-206) has an alphabetabetaalphabeta structure, whereas residues 76-120 are flexible and extended. This overall folding topology is similar to the Escherichia coli TonB C-terminal domain, albeit with two differences: the beta4 strand found at the C-terminus of TonB is absent in TonB2, and loop 3 is extended by 9 A (0.9 nm) in TonB2. By examining several mutants, we determined that a complete loop 3 is not essential for TonB2 activity. Our results indicate that the beta4 strand of E. coli TonB is not required for activity of the TonB system across Gram-negative bacterial species. We have also determined, through NMR chemical-shift-perturbation experiments, that the E. coli TonB binds in vitro to the TonB box from the TonB2-dependent outer membrane transporter FatA; moreover, it can substitute in vivo for TonB2 during ferric-anguibactin transport in V. anguillarum. Unexpectedly, TonB2 did not bind in vitro to the FatA TonB-box region, suggesting that additional factors may be required to promote this interaction. Overall our results indicate that TonB2 is a representative of a different class of TonB proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».