MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2025806830 · doi:10.1107/s0907444903022042

Crystallization and preliminary X-ray analysis of 5′-methylthioribose kinase from<i>Bacillus subtilis</i>and<i>Arabidopsis thaliana</i>

2003· article· en· W2025806830 sur OpenAlexaff
Shao-Yang Ku, Patrick Yip, Ken Cornell, Michael K. Riscoe, P. Lynne Howell

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section D Biological Crystallography · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiochemical and Molecular Research
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBacillus subtilisCrystallizationChapsCrystallographyPEG ratioChemistryRecombinant DNAPolyethylene glycolResolution (logic)Arabidopsis thalianaMaterials scienceBiologyBiochemistryOrganic chemistryEnzymeBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Recombinant Bacillus subtilis 5'-methylthioribose (MTR) kinase has been expressed, purified and subsequently crystallized using the hanging-drop vapor-diffusion technique. With PEG 2000MME as the precipitant, two different crystal forms have been grown in the absence and presence of the detergent CHAPS. These crystals belong to space groups P2(1)2(1)2(1) (unit-cell parameters a = 193.7, b = 83.2, c = 51.6 A) and P2(1)2(1)2 (unit-cell parameters a = 213.8, b = 83.2, c = 51.5 A), respectively. The crystals grown in the presence of CHAPS diffract to 2.2 A resolution at Station X8C, National Synchrotron Light Source (NSLS). For both crystal forms, the presence of two monomers per asymmetric unit is predicted (Matthews coefficient V(M) = 2.29 and 2.52 A(3) Da(-1), respectively). Recombinant C-terminally histidine-tagged Arabidopsis thaliana MTR kinase has also been expressed, purified and refolded into its active form. Rod-shaped crystals of this protein were grown from PEG 8000 using the hanging-drop vapor-diffusion technique. These crystals exhibit the symmetry of space group C2 (unit-cell parameters a = 162.3, b = 83.3, c = 91.0 A, beta = 117.8 degrees ) and diffract to 1.9 A resolution at Station X8C, NSLS. Two monomers are estimated to be present in the asymmetric unit (V(M) = 2.82 A(3) Da(-1)).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,813
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,239
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueActa Crystallographica Section D Biological CrystallographyMême sujetBiochemical and Molecular ResearchTravaux en français237 207