Identification of Genes Required for Alternative Oxidase Production in the <i>Neurospora crassa</i> Gene Knockout Library
Notice bibliographique
Résumé
The alternative oxidase (AOX) of Neurospora crassa transfers electrons from ubiquinol to oxygen. The enzyme is not expressed under normal conditions. However, when the function of the standard electron transport chain is compromised, AOX is induced, providing cells with a means to continue respiration and growth. Induction of the enzyme represents a form of retrograde regulation because AOX is encoded by a nuclear gene that responds to signals produced from inefficiently functioning mitochondria. To identify genes required for AOX expression, we have screened the N. crassa gene knockout library for strains that are unable to grow in the presence of antimycin A, an inhibitor of complex III of the standard electron transport chain. From the 7800 strains containing knockouts of different genes, we identified 62 strains that have reduced levels of AOX when grown under conditions known to induce the enzyme. Some strains have virtually no AOX, whereas others have only a slight reduction of the protein. A broad range of seemingly unrelated functions are represented in the knockouts. For example, we identified transcription factors, kinases, the mitochondrial import receptor Tom70, three subunits of the COP9 signalosome, a monothiol glutaredoxin, and several hypothetical proteins as being required for wild-type levels of AOX production. Our results suggest that defects in many signaling or metabolic pathways have a negative effect on AOX expression and imply that complex systems control production of the enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».