Environmental and Gut Bacteroidetes: The Food Connection
Notice bibliographique
Résumé
Members of the diverse bacterial phylum Bacteroidetes have colonized virtually all types of habitats on Earth. They are among the major members of the microbiota of animals, especially in the gastrointestinal tract, can act as pathogens and are frequently found in soils, oceans and freshwater. In these contrasting ecological niches, Bacteroidetes are increasingly regarded as specialists for the degradation of high molecular weight organic matter, i.e., proteins and carbohydrates. This review presents the current knowledge on the role and mechanisms of polysaccharide degradation by Bacteroidetes in their respective habitats. The recent sequencing of Bacteroidetes genomes confirms the presence of numerous carbohydrate-active enzymes covering a large spectrum of substrates from plant, algal, and animal origin. Comparative genomics reveal specific Polysaccharide Utilization Loci shared between distantly related members of the phylum, either in environmental or gut-associated species. Moreover, Bacteroidetes genomes appear to be highly plastic and frequently reorganized through genetic rearrangements, gene duplications and lateral gene transfers (LGT), a feature that could have driven their adaptation to distinct ecological niches. Evidence is accumulating that the nature of the diet shapes the composition of the intestinal microbiota. We address the potential links between gut and environmental bacteria through food consumption. LGT can provide gut bacteria with original sets of utensils to degrade otherwise refractory substrates found in the diet. A more complete understanding of the genetic gateways between food-associated environmental species and intestinal microbial communities sheds new light on the origin and evolution of Bacteroidetes as animals' symbionts. It also raises the question as to how the consumption of increasingly hygienic and processed food deprives our microbiota from useful environmental genes and possibly affects our health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».