Development of a LytE‐based high‐density surface display system in <i>Bacillus subtilis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The three N-terminal, tandemly arranged LysM motifs from a Bacillus subtilis cell wall hydrolase, LytE, formed a cell wall-binding module. This module, designated CWBM(LytE), was demonstrated to have tight cell wall-binding capability and could recognize two classes of cell wall binding sites with fivefold difference in affinity. The lower-affinity sites were approximately three times more abundant. Fusion proteins with β-lactamase attached to either the N- or C-terminal end of CWBM(LytE) showed lower cell wall-binding affinity. The number of the wall-bound fusion proteins was less than that of CWBM(LytE). These effects were less dramatic with CWBM(LytE) at the N-terminal end of the fusion. Both CWBM(LytE) and β-lactamase were essentially functional whether they were at the N- or C-terminal end of the fusion. In the optimal case, 1.2 × 10(7) molecules could be displayed per cell. As cells overproducing CWBM(LytE) and its fusions formed filamentous cells (with an average of nine individual cells per filamentous cell), 1.1 × 10(8)β-lactamase molecules could be displayed per filamentous cell. Overproduced CWBM(LytE) and its fusions were distributed on the entire cell surface. Surface exposure and accessibility of these proteins were confirmed by immunofluorescence microscopy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».