Occurrence and Genetic Diversity of Winona-Like <i>Plum pox virus</i> Isolates in Russia
Notice bibliographique
Résumé
In studying the distribution and genetic diversity of Plum pox virus (PPV) in Russia, over a dozen new PPV isolates belonging to the strain Winona (PPV-W) were identified by immunocapture reverse-transcription polymerase chain reaction with the PPV-W-specific primers 3174-SP-F3/3174-SP-R1. Isolates were detected in two geographically distant regions of European Russia (Northern Caucasus and Moscow regions) in naturally infected plum (Prunus domestica), blackthorn (P. spinosa), Canadian plum (P. nigra), and downy cherry (P. tomentosa). The new PPV-W isolates were shown to be serologically related but not identical by triple-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay and Western blotting analysis using the monoclonal antibody (MAb) 5B-IVIA and MAbs specific to the N-terminal epitopes of PPV-W isolate 3174. Analysis of nucleotide and deduced amino acid sequences of the (C-ter)NIb-(N-ter)CP genome region indicate great genetic diversity among isolates, with phylogenetic analysis revealing seven clades. Isolates P1 and P3 found in plum in the south of Russia clustered closely with the putative ancestral PPV-W isolate LV-145bt from Latvia, while isolate 1410-7 found in P. nigra in Moscow appears to be closely related to the Canadian isolate W3174. The data obtained indicate wide dissemination of PPV-W isolate in stone fruit in the European part of the former USSR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».