Molecular Differentiation and Detection of Ginseng-Adapted Isolates of the Root Rot Fungus <i>Cylindrocarpon destructans</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The soilborne fungus Cylindrocarpon destructans (teleomorph: Neonectria radicicola) causes root rot in a wide range of plant hosts; the disease is of particular concern in ginseng production, and in conifer and fruit tree nurseries. beta-Tubulin gene and rRNA gene internal transcribed spacer (ITS) sequence data and pathogenicity assays were used to characterize isolates of C. destructans from ginseng and other hosts. The results of these studies demonstrated a high amount of sequence divergence among strains identified as C. destructans or N. radicicola, suggesting the existence of several phylogenetic species in this complex. Accordingly, we propose that the two varieties of N. radicicola be raised to species status. Certain highly aggressive ginseng isolates from Ontario, Korea, and Japan have identical ITS and beta-tubulin sequences, and form a monophyletic clade (designated "clade a"); these strains are identified as C. destructans f. sp. panacis. Other ginseng strains clustered in monophyletic groups with strains from angiosperm and conifers. A subtractive hybridization method was used to isolate genomic DNA sequences with diagnostic potential from the aggressive C. destructans Ontario ginseng isolate 1640. One of these sequences was similar to the rRNA gene intergenic spacer from a Fusarium oxysporum isolate from Pinus ponderosa, and hybridized to DNA from F. oxysporum and all C. destructans isolates tested. Primers were designed that could be used to amplify this sequence specifically from the highly aggressive, ginsengadapted C. destructans isolates from Ontario and Korea and other members of clade a.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».