Iodination on Tyrosine Residues During Oxidation with Sodium Periodate in Solid Phase Extraction of N-linked Glycopeptides
Notice bibliographique
Résumé
Solid-phase extraction of N-linked glycopeptides (SPEG) using hydrazide-modified supports has become a common sample preparation procedure in glycoproteomic experiments. We demonstrate that iodination of tyrosine residues occur in SPEG as a side reaction during an oxidation step with sodium periodate. MS/MS analysis of oxidized bovine serum albumin and carbonic anhydrase digests revealed a characteristic shift of m/z 125.9 on all y and b fragment ions containing the modified tyrosine residues. Selected reaction monitoring (SRM) measurements showed that the peak intensity from of the iodinated peptides increased during the course of oxidation. After an hour of oxidation, SRM analysis revealed that the strongest signal from an iodinated peptide was approximately one-tenth of the intensity of the corresponding unmodified peptide. Iodinated tyrosine residues were also identified in serum samples subjected to SPEG and analyzed by LC-ESI-MS/MS. We recommend assessing this side reaction by including iodotyrosine as a variable modification when performing database searches on SPEG experiments. For SRM-based acquisitions, we encourage the avoidance of tyrosine-containing glycopeptides or, if this is not practical, monitoring transitions that contain the potential modified iodinated tyrosine residue to monitor the presence of the iodinated form of the glycopeptide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».