Single nucleotide polymorphisms in the open reading frame of the stearoyl-CoA desaturase gene and resulting genetic variants in Canadian Holstein and Jersey cows
Notice bibliographique
Résumé
Stearoyl-CoA desaturase (SCD) catalyzes the synthesis of conjugated linoleic acid (CLA) and mono-unsaturated fatty acids (MUFA) from their saturated counterparts in the mammary gland and adipose tissue of ruminant animals. We hypothesize that single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the SCD gene account for some of the differences in SCD activity, and consequently for some of the variations in CLA and MUFA content of milk fat between Holsteins and Jersey cows and within these two breeds. We analyzed the open reading frame of the SCD gene of 44 Holsteins and 48 Jerseys for SNPs by sequencing. Three SNPs: 702A --> G, 762T --> C and 878C --> T were identified in both breeds and a further SNP, 435G --> A, was unique to Holsteins. The SNPs characterized four different genetic variants in Holsteins: A (G(435)A(702)T(762)C(878)), A1 (A(435)A(702)T(762)C(878)), B (G(435)G(702)C(762)T(878)) and B1 (A(435)G(702)C(762)T(878)), with only variants A and B in Jerseys. SNP 878C --> T resulted in a non-synonymous codon change while the rest resulted in synonymous codon changes giving rise to two protein variants, A having alanine and B having valine. Allele A was the most prevalent in the two breeds. These differences may, therefore, contribute to existing variations in CLA and fat content between and within Canadian Holstein and Jersey cows.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».