Recognition and Molecular Discrimination of Severe and Mild PVY<sup>O</sup> Variants of <i>Potato virus Y</i> in Potato in New Brunswick, Canada
Notice bibliographique
Résumé
A field isolate of Potato virus Y (PVY) was collected in New Brunswick, Canada in 2007 due to unusual symptoms observed on different potato cultivars. To unveil the PVY strain identity, tobacco and potato bioassays, PVY O and PVY N -specific antibody-based enzyme-linked immunosorbent assays, and reverse-transcription polymerase chain reaction (PCR)-based genotyping were carried out. All the assays demonstrated that the isolate, designated as PVY O -FL in this study, belonged to the PVY O strain group. Greenhouse tests with the potato cvs. FL 1533 and Jemseg confirmed the severe nature of infection by PVY O -FL. The complete genome sequences of PVY O -FL and PVY O -RB, the latter a mild PVY O isolate, were determined. BLAST analysis revealed that the two isolates shared 97 and 98% sequence identities at the nucleotide and polyprotein levels, respectively. Further BLAST analysis unveiled that PVY O -FL shared 99.7% nucleotide sequence identity with PVY O -Oz, an isolate reported in New York, United States, whereas the PVY O -RB isolate shared 99.2% sequence identity with PVY O -139, a PVY O isolate reported in New Brunswick, Canada. A phylogenetic tree of available, full-length sequences of PVY isolates demonstrated two subgroups within the PVY O branch, one clustered with PVY O -RB and the other with PVY O -FL. Group-specific sense primers for differentiation of the two subgroups were developed and evaluated. A limited survey of potato tubers collected from a field plot at the Potato Research Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, using the newly developed PCR primers, indicated that 65.3 and 2.4% of the PVY O -positive tubers were infected with PVY O isolates belonging to the PVY O -FL and PVY O -RB subgroups, respectively. Assessment of the pathogenicity of three representative isolates from each subgroup on the potato cv. Jemseg demonstrated that severe and mild symptoms were induced by the PVY O -FL-like and PVY O -RB-like isolates, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».