Recognition and Molecular Discrimination of Severe and Mild PVY<sup>O</sup> Variants of <i>Potato virus Y</i> in Potato in New Brunswick, Canada
Notice bibliographique
Résumé
A field isolate of Potato virus Y (PVY) was collected in New Brunswick, Canada in 2007 due to unusual symptoms observed on different potato cultivars. To unveil the PVY strain identity, tobacco and potato bioassays, PVYO and PVYN-specific antibody-based enzyme-linked immunosorbent assays, and reverse-transcription polymerase chain reaction (PCR)-based genotyping were carried out. All the assays demonstrated that the isolate, designated as PVYO-FL in this study, belonged to the PVYO strain group. Greenhouse tests with the potato cvs. FL 1533 and Jemseg confirmed the severe nature of infection by PVYO-FL. The complete genome sequences of PVYO-FL and PVYO-RB, the latter a mild PVYO isolate, were determined. BLAST analysis revealed that the two isolates shared 97 and 98% sequence identities at the nucleotide and polyprotein levels, respectively. Further BLAST analysis unveiled that PVYO-FL shared 99.7% nucleotide sequence identity with PVYO-Oz, an isolate reported in New York, United States, whereas the PVYO-RB isolate shared 99.2% sequence identity with PVYO-139, a PVYO isolate reported in New Brunswick, Canada. A phylogenetic tree of available, full-length sequences of PVY isolates demonstrated two subgroups within the PVYO branch, one clustered with PVYO-RB and the other with PVYO-FL. Group-specific sense primers for differentiation of the two subgroups were developed and evaluated. A limited survey of potato tubers collected from a field plot at the Potato Research Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, using the newly developed PCR primers, indicated that 65.3 and 2.4% of the PVYO-positive tubers were infected with PVYO isolates belonging to the PVYO-FL and PVYO-RB subgroups, respectively. Assessment of the pathogenicity of three representative isolates from each subgroup on the potato cv. Jemseg demonstrated that severe and mild symptoms were induced by the PVYO-FL-like and PVYO-RB-like isolates, respectively.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».