Structural analysis of a putative family 32 carbohydrate-binding module from the<i>Streptococcus pneumoniae</i>enzyme EndoD
Notice bibliographique
Résumé
EndoD is an architecturally complex endo-β-1,4-N-acetylglucosamidase from Streptococcus pneumoniae that cleaves the chitobiose core of N-linked glycans and contributes to pneumococcal virulence. Although the glycoside hydrolase family 85 catalytic module has been structurally and functionally characterized, nothing is known about the ancillary modules and how they contribute to the overall function of the enzyme. Presented here is the 2.0 Å resolution structure of a family 32 carbohydrate-binding module of EndoD, SpCBM32, solved by single-wavelength anomalous dispersion. The putative binding site of this protein is a charge-neutral relatively flat region on the protein surface that contains one prominently exposed tryptophan residue that extends into the solvent. These topographical features are discussed in the biological context of EndoD activity and a hypothesis is made about the complex structure of its potential carbohydrate ligand.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».