A second eukaryotic group with mitochondrion-encoded tmRNA
Notice bibliographique
Résumé
In bacteria, stalled ribosomes are rescued by transfer-mRNA (tmRNA) that catalyzes two steps. First, a non-encoded alanine is added to the incomplete polypeptide chain by the tRNA (Ala) -like portion of tmRNA, and second, the ribosome switches to the mRNA-like domain of tmRNA, thus resuming protein synthesis. Mitochondrial DNA (mtDNA)-encoded mt-tmRNA is so far only known from jakobid protists, but we posit that the corresponding ssrA gene may also reside in other mtDNAs. Here we present a highly sensitive covariance model built from jakobid ssrA genes that identifies previously unrecognized ssrA homologs in mtDNAs of oomycetes. These genes, located in previously unassigned genomic regions, are circular permuted as in α-Protobacteria, implying that pre-tmRNA is processed and the two pieces are held together by non-covalent interactions. RNA-Seq data from Phytophthora sojae confirm predicted processing sites as well as post-transcriptional addition of 3' CCA, a prerequisite for tmRNAs to be charged with alanine by alanyl-tRNA synthetase. Structure modeling of oomycete tmRNAs infers that the mRNA-like domain is lacking as in jakobids. Features of mitochondrial tmRNAs include the G-U pair at position three of the acceptor stem, a hallmark of bacterial tmRNAs, and a T-loop sequence that differs from that of standard tRNAs and most bacterial tmRNAs, forming alternative, virtually isosteric tertiary interactions with the D-loop. The anticodon stem has two additional G-A base pairs formed between the D-loop and the variable region, shortening the length of the variable region to a single nucleotide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».