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Enregistrement W2027832172 · doi:10.1158/1538-7445.am10-1240

Abstract 1240: Functional deregulation of NF-kB and abnormal TNFa response in acute promyelocytic leukemia

2010· article· en· W2027832172 sur OpenAlexaff
Mariam Thomas, Mahadeo A. Sukhai, Nicholas W. Schuh, Yali Xuan, Mark D. Minden, Suzanne Kamel‐Reid

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinoids in leukemia and cellular processes
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAcute promyelocytic leukemiaMicroarray analysis techniquesLeukemiaFusion geneBiologyGeneCancer researchRetinoic acidChromosomal translocationGene expressionPromyelocytePathogenesisSignal transductionMicroarrayNF-κBGene expression profilingMolecular biologyImmunologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Acute promyelocytic leukemia (APL) accounts for approximately 10% of acute myelogenous leukemia (AML) cases, and is characterized by accumulation of abnormal promyelocytes in patient bone marrow and peripheral blood. APL is associated with balanced chromosomal translocations involving retinoic acid receptor alpha (RARA), giving rise to fusion oncoproteins referred to as X-RARA. As deregulation of retinoid signaling is insufficient for leukemia development, our studies aim to determine other signaling pathways involved in APL by assessing the gene expression profiles and cell biology of X-RARA. We previously determined, using gene expression microarray analysis, common downstream targets of the variant APL fusion proteins NPM- and NuMA-RARA. We observed an over-representation of NF-κB target genes within this dataset. In these cells, a number of NF-κB target genes were commonly over-expressed. A subset of commonly deregulated genes were validated in our APL cell lines and 23 primary APL patient samples by real-time quantitative RT-PCR (RQ-PCR). 13/16 genes that were tested were significantly altered in APL compared to normal BM (n=11) p<0.05. The majority of these deregulated genes showed a progressive trend towards normal expression levels in post-treated samples. These data indicate defects in NF-κB-mediated gene expression in APL pathogenesis. We next examined NF-κB activity by assessing the expression levels of NF-κB target genes by quantitative real-time RT-PCR, in the presence and absence of TNFα. We observed that there was sustained activation of NF-κB in cells expressing NPM-RARA, as evidenced by the increased expression of NF-κB transcriptional target genes after induction by TNFα. Western analysis of protein derived from U937-NPM-RARA and NB4 cells demonstrated over-expression of NF-κB (p65) protein, as well as its transcriptional target IκBα. The increased pool of NF-κB localized to both the cytoplasm and the nucleus in U937-NPM-RARA cells as visualized by immunofluorescent confocal microscopy. Having observed deregulated expression of downstream targets of TNFα, we sought to examine the ability of X-RARA to confer resistance to TNF-mediated apoptosis. Our results in colony formation assays indicated that NPM-RARA expressing cells formed significantly more colonies, in the presence of 0-100 ng/mL TNFα, in a dose-dependent manner, compared to U937 control cells. These data suggested a greater ability on the part of NPM-RARA+ cells to survive and proliferate in the presence of TNFα. Our data provides the first evidence of the functional deregulation of the NF-κB-mediated signaling pathway and the TNFα response in cells expressing the variant APL fusion proteins. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 1240.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,340
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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