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Enregistrement W2028318509 · doi:10.1021/bi047732e

Determination of the Essentiality of the Eight Cysteine Residues of the NrtA Protein for High-Affinity Nitrate Transport and the Generation of a Functional Cysteine-less Transporter

2005· article· en· W2028318509 sur OpenAlexaff
Shiela E. Unkles, Duncan A. Rouch, Ye Wang, M. Yaeesh Siddiqi, Mamoru Okamoto, Raymond M. Stephenson, James R. Kinghorn, Anthony D. M. Glass

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant nutrient uptake and metabolism
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCysteineMutagenesisBiochemistryChemistryMutantTransmembrane domainAmino acidCysteine metabolismSite-directed mutagenesisNitrateEnzymeGeneOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

All eight cysteine residues, C90, C94, C143, C147, C219, C325, C367, and C431, present in transmembrane domains of the Aspergillus nidulans NrtA nitrate transporter protein were altered individually by site-specific mutagenesis. The results indicate that six residues, C90, C147, C219, C325, C367, and C431, are not required for nitrate transport. Although alterations of C94 and C143 are less well tolerated, these residues are not mandatory and their possible role is discussed. A series of constructs, all completely devoid of cysteine residues, was generated to permit future cysteine-scanning mutagenesis. The optimum cysteine-less combination was identified as C90A, C94A, C143A, C147T, C219S, C325S, C367S, and C431S. This mutant combination yielded transformant strains with up to 40% of wild-type nitrate transport activity. Furthermore, the K(m) value and the level of protein expression were found to be similar to those of the wild-type. This cysteine-less vector should allow us to investigate in detail potentially interesting NrtA amino acids (e.g. identified from homology comparisons) which may be involved in transport, by altering these singly to cysteine and studying such residues by thiol chemistry.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,193
Écart entre enseignants0,171 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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