Probing the mechanisms and dynamics of gas phase hydrogen–deuterium exchange reactions of sodiated polyglycines
Notice bibliographique
Résumé
The rate constants for H-D exchange reactions of sodiated polyglycines (GnNa(+), n = 2-8) and polyalanines (AnNa(+), n = 2, 3 and 5) with ND3 have been measured in the cell of an FT-ICR mass spectrometer. All peptides except G2Na(+) are found to undergo three exchange reactions, all of which are consecutive with no sign of multiple exchanges within a single collision event. This information has been used to construct full mechanistic scenarios with the help of detailed quantum chemical calculations of the possible reaction paths for H-D exchange. The first exchange is always located at the C terminus however with different mechanisms depending upon whether the peptide termini can (larger peptides) or cannot (smaller peptides) interact directly without strong energy penalty. The most favourable mechanisms for the second and third exchanges of the N terminus protons, are found to be different from those for the first for all peptide sizes. The peptide distortions that are necessary in order for some of these reactions to occur are made possible by the energy reservoir provided by the favorable interaction of the peptide ion with ND3. Their occurrence and variety preclude any general relationship between H-D exchange kinetics and the most stable ion structures. There is however a break at G7Na(+) in the kinetics trend, with a first exchange rate which is much smaller than for all other peptide sizes. This break can be directly related to a different structural type in which the C terminus is neither free nor close to the N terminus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».