DNase-Mediated Single-Cycle Selection of Aptamers for Proteins Blotted on a Membrane
Notice bibliographique
Résumé
We describe a single-cycle DNA aptamer selection strategy that is able to obtain high affinity aptamers (K(d) of sub-nM) directly from a protein blotted on membrane. The key to the success of this strategy is the unique use of DNase I digestion to remove unwanted ssDNA from the membrane, leaving only the strongest bound aptamers. A crude Hepatitis B virus core protein (HBcAg) was separated using polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and electro-blotted onto a polyvinylidene fluoride (PVDF) membrane. The membrane strip containing HBcAg and a second membrane strip containing human serum proteins were coincubated with a ssDNA library consisting of ∼10 copies each of 10(15) random sequences. Unbound and weakly bound sequences were efficiently removed from the membrane containing HBcAg using DNase I digestion and gradient wash with urea buffers. The remaining ssDNA bound to the target consisted of approximately 500 molecules, from which two aptamers with high affinity (K(d) ∼100 and 200 pM) were identified. This technique can be potentially used for selection of aptamers directly from multiple proteins that are separated by gel electrophoresis from a biological mixture.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».