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Enregistrement W2028888671 · doi:10.1093/jnci/dju384

Germline Mutations in Shelterin Complex Genes Are Associated With Familial Glioma

2014· article· en· W2028888671 sur OpenAlexaff
Matthew N. Bainbridge, Georgina Armstrong, M. Monica Gramatges, Alison A. Bertuch, Shalini N. Jhangiani, HarshaVardhan Doddapaneni, Lora Lewis, Joseph Tombrello, Spyros Tsavachidis, Yanhong Liu, Ali Jalali, Sharon E. Plon, Ching C. Lau, D. Williams Parsons, Elizabeth B. Claus, Jill S. Barnholtz‐Sloan, Dora Il’yasova, Joellen M. Schildkraut, Francis Ali‐Osman, Siegal Sadetzki, Christoffer Johansen, Richard S. Houlston, Robert B. Jenkins, Daniel H. Lachance, Sara H. Olson, Jonine L. Bernstein, Ryan Merrell, Margaret Wrensch, Kyle M. Walsh, Faith G. Davis, Rose Lai, Sanjay Shete, Kenneth Aldape, Christopher I. Amos, Patricia A. Thompson, Donna M. Muzny, Richard A. Gibbs, Beatrice Melin, Melissa L. Bondy

Notice bibliographique

RevueJNCI Journal of the National Cancer Institute · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteSt. Baldrick's FoundationNational Brain Tumor SocietyU.S. Public Health ServiceNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthAmerican Brain Tumor Association
Mots-clésGliomaShelterinExome sequencingGeneticsBiologyOligodendrogliomaGermlineGermline mutationMutationExomeGeneCancer researchAstrocytomaDNA-binding proteinTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Gliomas are the most common brain tumor, with several histological subtypes of various malignancy grade. The genetic contribution to familial glioma is not well understood. Using whole exome sequencing of 90 individuals from 55 families, we identified two families with mutations in POT1 (p.G95C, p.E450X), a member of the telomere shelterin complex, shared by both affected individuals in each family and predicted to impact DNA binding and TPP1 binding, respectively. Validation in a separate cohort of 264 individuals from 246 families identified an additional mutation in POT1 (p.D617Efs), also predicted to disrupt TPP1 binding. All families with POT1 mutations had affected members with oligodendroglioma, a specific subtype of glioma more sensitive to irradiation. These findings are important for understanding the origin of glioma and could have importance for the future diagnostics and treatment of glioma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,774
Score d'incertitude au seuil0,229

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations229
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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