Global Gene Expression Profiling in PPAR-<i>γ</i>Agonist-Treated Kidneys in an Orthologous Rat Model of Human Autosomal Recessive Polycystic Kidney Disease
Notice bibliographique
Résumé
Kidneys are enlarged by aberrant proliferation of tubule epithelial cells leading to the formation of numerous cysts, nephron loss, and interstitial fibrosis in polycystic kidney disease (PKD). Pioglitazone (PIO), a PPAR-γ agonist, decreased cell proliferation, interstitial fibrosis, and inflammation, and ameliorated PKD progression in PCK rats (Am. J. Physiol.-Renal, 2011). To explore genetic mechanisms involved, changes in global gene expression were analyzed. By Gene Set Enrichment Analysis of 30655 genes, 13 of the top 20 downregulated gene ontology biological process gene sets and six of the top 20 curated gene set canonical pathways identified to be downregulated by PIOtreatment were related to cell cycle and proliferation, including EGF, PDGF and JNK pathways. Their relevant pathways were identified using the Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes database. Stearoyl-coenzyme A desaturase 1 is a key enzyme in fatty acid metabolism found in the top 5 genes downregulated by PIO treatment. Immunohistochemical analysis revealed that the gene product of this enzyme was highly expressed in PCK kidneys and decreased by PIO. These data show that PIO alters the expression of genes involved in cell cycle progression, cell proliferation, and fatty acid metabolism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».